开启海祗岛秘境需要完成一系列解密步骤。前往秘境附近参拜尊像，调整四个雷霆探针的方向，确保它们与底盘指示方向一致后会出现紫色光圈。使用雷元素角色（如皇女或九条裟罗）激活四块雷元素方碑，水位会开始下降。完成这一步后，跳入水位下降后的坑中，游向秘境正前方的缝隙。
游过缝隙后，沿着水下通道前进，直至到达一处可攀爬的墙体。向上攀爬后，会在墙面上发现三个开关，依次启动它们以打开铁门。进入铁门后继续向上攀爬，最终找到一个机关，触发后水位会完全退去，秘境的大门随之开启。需部分解密环节可能需要携带雷种子或雷元素角色，以确保顺利激活机关。
在解密过程中，雷霆探针的方向调整是关键。当角色附带雷元素或携带雷种子时，指针会跟随转动，需保持静止，直到指针与底盘方向完全一致后紫色光圈出现。雷元素方碑的激活顺序没有严格限制，但建议优先点亮靠近尊像的方碑。水位下降后，游向缝隙时需注意体力消耗，必要时可使用食物补充体力。
最后一步是解开墙上的三个开关并触发隐藏机关。开关通常位于墙体显眼处，启动后会伴随铁门开启的音效提示。攀爬至顶部后，机关通常位于平台中央或附近高处，激活后秘境大门将完全显露。整个过程对角色属性没有硬性要求，但雷元素角色能显著降低解密难度。
海祗岛秘境的解密设计结合了探索与解谜元素，玩家需耐心观察环境细节并灵活运用游戏机制。完成解密后，秘境将成为可重复挑战的副本，并提供相应奖励。若遇到机关未触发的情况，可检查雷霆探针是否完全对齐或雷元素方碑是否全部激活。
