灾害管理是维持避难所稳定运行的核心环节。灾害主要分为内部和外部两类，内部灾害包括火灾、蟑螂入侵、辐射蝎等，外部灾害则涉及匪徒入侵和死亡爪攻击。解决这些灾害需要结合预防措施、资源分配和应急处理。火灾通常由加班失败或随机事件引发，确保建筑内配备足够工人并保持满员状态可有效控制火势。蟑螂入侵危害较大，需为每个房间配置满员且装备4攻击以上武器的居民。辐射蝎会消耗大量电力，建议保持电力储备并避免不必要的房间升级。外部入侵者如匪徒和死亡爪需在大门后方设置防御工事，配备高攻击力武器的小队应对。
灾害的强度与房间等级、人口数量直接相关。人口超过51时可能出现食尸鬼和鼹鼠，55人口后辐射蝎有小概率出现，61人口后死亡爪将成为常态威胁。面对食尸鬼时需优先使用高E值（耐力）和A值（敏捷）居民，并配备治疗剂应对辐射伤害。鼹鼠可通过X形布局规避，或采用分层防守策略集中火力消灭。死亡爪攻击需依赖治疗剂储备和多人协同作战，每层布置12名高血量居民可降低伤亡风险。灾害发生时，孕妇和儿童无法参与应对，需避免其过度集中。
电力储备需维持在安全阈值以上，辐射蝎会按百分比消耗电力，净产量比最大储量更可靠。食物和水资源需定期检查，确保生产设施满员运作。医疗室和科学实验室是应对辐射伤害的关键，需储备足量治疗剂和消辐宁。探险队可获取外部资源，但需优先派遣高E值居民以提升生存率。武器分配应覆盖所有房间，近战武器适合废土探索，而群伤武器如导弹更适合防御外部入侵。
长期策略包括优化避难所布局和居民培养。采用交替式房间排列可阻断灾害蔓延，每层预留安全通道便于人员调度。训练室应优先建设，提升居民S.P.E.C.I.A.L.属性以增强生产力与战斗力。电力、食物和水设施需保持三级联动以最大化效率。定期巡检设备状态，及时修复故障设施。通过广播室招募或居民繁衍补充人口时，需平衡数量与属性培养，避免盲目扩张引发更高强度灾害。
极速模式可加速资源获取，但失败会提升灾害风险率，建议在40%以下风险时使用。神秘陌生人出现时点击可获得额外瓶盖，用于紧急复活居民。尸体需及时掩埋以避免心情值下降，复活费用随居民等级增加。灾害期间避免频繁调动人员，蝎子即使受攻击也会转移房间。若灾害蔓延至无人房间会自动消失，可利用此特性控制灾害范围。
